Deletion Analysis of a Xylanase Gene from Fibrobacter succinogenes S 85 and Its Expression in Escherichia coli HB 101

Abstract

ABSTRAK
Analisis Delesi Gen Xilanase Asal Fibrobacter succinogenes S 85 dan Ekspresinya
pada Escherichia coli HB 101. Plasmid pBX6 dengan sisipan DNA berukuran 3 Kb asal
DNA genomik Fibrobacter succinogenes S 85, menyandi aktifitas xilanolitik (mampu
mendegradasi substrat xilan) bila ditumbuhkan dalam vektor E. coli HB 101. Tujuan
penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi lokasi fragmen DNA yang berperan dalam
menentukan aktifitas pBX6 menggunakan analisis delesi. Suatu seri analisis delesi terhadap
pBX6 telah dilakukan dengan menghilangkan beberapa fragmen DNA dengan cara kloning
hasil restriksi enzim maupun PCR. Satu fragmen delesi asal produk PCR berukuran 0.7
Kb di sub kloning menggunakan cloning kit pCR TOPO dan aktifitas xilanolitiknya ditapis
lebih lanjut dengan menumbuhkan dalam media agar oat spelt xylan-Remazol brilliant
blue (RBB) ditambah antibiotik ampicilin (50 ?g/ml). Transforman positif selanjutnya
diekstraksi dan dikarakterisasi. Hasil penelitian menunjukkan klon yang telah terpotong
kehilangan sebagian besar aktifitas xilanolitiknya dibanding klon asal, bila diuji pada kondisi
yang sama untuk menghidrolisis substrat xilan. Klon plasmid rekombinan yang telah
terpotong menunjukkan aktifitas spesifik sebesar 41,29 + 0,025 U/mg.
Key word: Delesi, F. succinogenes S 85; E. coli HB 101, xilanase